Con el fin de gobernar las tierras conquistadas, la Corona de Castilla creó una serie de organismos.
El primero de ellos fue la Casa de Contratación en Sevilla, que se encargaba un poco de todo, desde ser escuela de navegantes a tribunal. Lo que buscaba el gobierno ante todo era controlar todo lo que iba y venía al Nuevo Mundo y cobrar el impuesto correspondiente.

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Como el gobierno se fue complicando se creó el Consejo de Indias como organismo supremo de gobierno, elaboración de leyes y tribunal superior.
Debido a que España estaba muy lejos y las comunicaciones en la época era lentísimas, se decidió dar amplios poderes a un representante del rey en aquellas tierras: el virrey.

La explotación económica se basó en la minería y en la agricultura. La producción agrícola se destinaba al abastecimiento de los mercados locales.

Los europeos que participaban en la conquista tenían derecho a tierras y a un grupo de indios para que le trabajasen la tierra, es lo que se llamaba la encomienda. Pronto esto dio lugar a abusos que fueron denunciados por religiosos como el padre Bartolomé de las Casas.

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Los reyes trataron de defender los derechos de los indígenas prohibiendo su esclavitud y establecieron el deber de dar un justo trato y salario a los trabajadores indios. A pesar de la buena voluntad de las autoridades, los abusos continuaron, así como las protestas de los religiosos.

La principal fuente de riqueza de la América española fueron las minas de oro y plata. La mina más famosa estaba en Potosí, en el Perú. La explotación de las minas se basó en el trabajo obligatorio, por turnos, de los indígenas.

Fue gracias a estos metales preciosos que España pudo mantener su supremacía mundial durante 150 años.