El actual Instituto San Isidoro comenzó como Instituto Provincial en 1846 gracias al Plan Pidal, ubicado dentro de la Facultad de Filosofía, compartiendo no sólo edificio sino también profesores. En 1859 ambas instituciones se separan administrativamente, pero compartían aulas, la Biblioteca o los Gabinetes, por lo que surgieron problemas que provocaron la marcha del Instituto al antiguo convento de los alcantarinos, que anteriormente había sido la casa-palacio de los Zúñiga en los siglos XVI y XVII. En 1961 fue demolido y construido un nuevo edificio, que se inauguró en el curso 1963-64. Durante las obras, la labor docente continuó en el pabellón de Chile, construido para la Exposición Iberoamericana de 1929. Todos estos traslados trajeron muchas pérdidas e inconvenientes a la colección histórica del Instituto.