Fue creado en 1863 por Real Orden en virtud de la Ley Moyano. En 1875 es declarado instituto provincial después de un largo proceso, pues ya existía un instituto provincial en Jerez. Estuvo ubicado en el antiguo convento de S. Agustín de la calle San Francisco desde su inauguración hasta 1961-62, en el que por necesidades espaciales se desdobló en dos: el Instituto Nacional de E. M. Ntra. Sra. Del Rosario, femenino, que permaneció en el mismo edificio y el Instituto de E. M. Columela, masculino, que se trasladó a un edificio nuevo en la calle Barcelona.

El 27 de Septiembre de 1863 se inaugura solemnemente el primer curso académico del Instituto local de Cádiz, en el que se matriculan 398 alumnos. La adaptación del Convento de San Agustín a centro de enseñanza fue posible gracias a las aportaciones del pueblo gaditano.