La visita al centro se realiza dividiendo en dos grupos a los alumnos y alumnas visitantes. Un primer grupo comienza su visita por el Pabellón Viejo en el que, fundamentalmente, se les muestra el propio edificio y la galería de retratos y pinturas de los fondos del Museo del Prado.

El segundo grupo visita directamente la biblioteca donde se les muestran algunos ejemplares de su fondo antiguo y el Museo de Historia Natural.