Su origen se remonta al Colegio de Humanidades San Juan Bautista, fundado en el año 1838 -gracias a la voluntad testamentaria de D. Juan Sánchez de la Torre- en el edificio que ocupa actualmente el Museo Arqueológico, en la Plaza del Mercado.

En 1842 se convierte en Instituto Local, y provincial en 1851. Al compartir dicha titularidad en 1876 con el IES Columela de Cádiz, debe abandonar el edificio que ocupa y se traslada en 1855 a la Alameda Cristina, al edificio del antiguo Hospital de San Juan de Dios después de un largo pleito con la Fundación Juan Sánchez. En 1953 el Instituto se trasladó a un edificio, Pabellón Viejo, construido por Fernando de la Cuadra en la Avenida Álvaro Domecq, que pronto se quedó pequeño, por lo que fue ampliado en 1965.