El origen del actual Instituto se encuentra en la antigua Universidad que se fundó en 1538 por una bula del Papa Pablo III, “Altitudo Divine Providentie”, a petición de don Rodrigo López. En sus inicios funcionó sólo como Colegio de Gramática, en un pequeño edificio situado en el arranque del actual paseo de las Murallas, el cual se utiliza actualmente como Museo de la ciudad. A finales del s. XVI la Universidad se traslada al actual edificio de la calle Juan de Ávila. Y será en el año 1868 cuando se convierte en Instituto Libre de Bachillerato.