De manera sucinta, podríamos decir que la visita al centro se puede organizar en torno a tres grandes polos de interés.

Por una parte, la importancia de su patrimonio manierista, con la explicación de la fachada de la Universidad y de la iglesia San Juan Evangelista, los patios de Fernández de Córdoba -patio de columnas- y de Rodrigo López -patio blanco-, y la subida de escaleras al piso superior con su galería acristalada.

Por otra parte, el patrimonio del siglo XVIII, con el teatro Paraninfo rehecho casi por completo en este siglo.

Y, por último, el patrimonio didáctico, con la biblioteca, el Museo de Ciencias Naturales y el Aula Antonio Machado.